J. HPT Tropika.

ISSN 1411-7525
122 J. HPT Tropika
Vol. 15, No. 2: 122 – 131, September 2015
Vol. 15 No. 2, 2015: 122 – 131

POTENSI BAKTERI ENDOFIT AKAR UBI JALAR (IPOMOEA BATATAS L.)

ASAL KABUPATEN SORONG PAPUA BARAT SEBAGAI
AGENSIA BIOKONTROL MELOIDOGYNE SPP.

Tuminem, Supramana, Meity S. Sinaga, & Giyanto

Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor

Jl. Kamper, Kampus IPB Dramaga, Bogor 16680
E-mail: [email protected]

ABSTRACT

Potency of sweetpotato (Ipomoea batatas L.) root endophytic bacteria from Sorong District West Papua as biocontrol
agent of Meloidogyne spp. Root knot nematodes/RKN, Meloidogyne spp. is one of the important pathogens in sweet potato
plant. The disease incidence rate by the RKN on sweetpotato crop in Sorong District reached 88.77%. This study aims to get
the sweet potato root endophytic bacteria that have potential as biocontrol agents against Meloidogyne spp. Endophytic
bacteria was isolated from the roots of healthy sweet potato sampled from Sorong District, West Papua Province. Isolation
and selection of bacteria using TSA media. Selected bacterial isolates, which were non-pathogenic to plants and humans then
were identified with PCR technique using universal primer 63-F / 1387-R. The ability of bacteria to produce the lipase enzyme
was selected using the media NB agar and rhodamine B. The protease enzyme-producing bacteria were selected using skim
milk media. The chitinase enzyme-producing bacteria were selected using the colloidal chitin media. Production of cyanide
was detected using filter paper soaked in a solution of CDS. The effectiveness of culture filtrate of bacteria as biocontrol
agents was measured based on the percentage of 2nd juvenile mortality and egg hatching of Meloidogyne spp. Four isolates
of endophytic bacteria, that were Enterobacter sp EAS (1a), Enterobacter sp. EAS (3a) Enterobacter ludwigii EAS (4), and
Burkholderia cepacia EAS (6) produced lipase and protease. In addition, B. cepacia EAS (6) also produced chitinase. Those
isolates caused mortality of the 2nd juvenile 81.4 to 95.2% and inhibited the egg hatching of Meloidogyne spp. 53.13 to 81.92%.
Key words: chitinase, eggs hatching, juvenile mortality, protease

ABSTRAK

Potensi bakteri endofit akar ubi jalar (Ipomoea batatas L.) asal Kabupaten Sorong Papua Barat sebagai agensia biokontrol
Meloidogyne spp. Nematoda puru akar/NPA, Meloidogyne spp. termasuk salah satu patogen penting pada tanaman ubi jalar.
Tingkat keterjadian penyakit oleh NPA pada tanaman ubi jalar di Kabupaten Sorong mencapai 88,77%. Penelitian ini bertujuan
untuk mendapatkan bakteri endofit akar ubi jalar yang memiliki potensi sebagai agensia biokontrol terhadap Meloidogyne
spp. Bakteri endofit diisolasi dari akar ubi jalar sehat asal Kabupaten Sorong Provinsi Papua Barat. Isolasi dan seleksi bakteri
menggunakan media TSA. Isolat bakteri terpilih yang non patogenik terhadap tanaman dan manusia diidentifikasi dengan
teknik PCR menggunakan universal primer 63-F/1387-R. Kemampuan bakteri menghasilkan enzim lipase diseleksi menggunakan
media NB agar dan rhodamin B. Bakteri penghasil enzim protease diseleksi menggunakan media susu skim agar. Kemampuan
bakteri menghasilkan kitinase diseleksi menggunakan media koloidal kitin. Produksi sianida dideteksi menggunakan kertas
saring yang telah dicelupkan dalam larutan CDS. Keefektifan kultur filtrat bakteri sebagai agensia biokontrol diuji terhadap
penetasan telur dan mortalitas juvenil 2 Meloidogyne spp. Empat isolat bakteri endofit akar ubi jalar yaitu Enterobacter sp.
EAS(1a), Enterobacter sp. EAS(3a) Enterobacter ludwigii EAS(4), dan Burkholderia cepacia EAS(6) menghasilkan enzim
lipase dan protease. Burkholderia cepacia EAS(6) juga menghasilkan kitinase. Empat isolat bakteri tersebut menyebabkan
mortalitas juvenile 2 sebesar 81,4–95,2% dan menghambat penetasan telur Meloidogyne spp. 53,13–81,92%.
Kata kunci: kitinase, mortalitas juvenil, penetasan telur, protease

PENDAHULUAN dengan baik di seluruh Indonesia. Secara turun-temurun

komoditas ini sudah menjadi bahan pangan pokok bagi
Ubi jalar (Ipomoea batatas L.) merupakan salah sebagian besar masyarakat lokal di Provinsi Papua dan
satu komoditas tanaman pangan yang mempunyai daya Papua Barat. Ubi jalar menjadi salah satu komoditas
adaptasi luas, sehinggga dapat tumbuh dan berkembang unggulan lokal di Provinsi Papua Barat dengan wilayah
Tuminem et al. Potensi Bakteri Endofit Akar 123

pengembangan meliputi beberapa kabupaten, METODE PENELITIAN

diantaranya Kabupaten Sorong. Berdasarkan laporan
Tuminem et al. (2015), sebagian besar pertanaman ubi Tempat dan Waktu. Sampel tanaman ubi jalar diambil
jalar di Kabupaten Sorong terinfeksi Meloidogyne dari Distrik Salawati Kabupaten Sorong Provinsi Papua
incognita dan M. javanica. Meloidogyne spp. Barat. Isolasi dan pengujian bakteri dilaksanakan mulai
merupakan patogen penting yang berasosiasi dengan ubi bulan September 2014 sampai dengan Maret 2015 di
jalar di beberapa negara. Iwahori et al. (2000) Laboratorium Nematologi, Departemen Proteksi
melaporkan M. incognita, M. arenaria dan Tanaman, Institut Pertanian Bogor. Identifikasi
M. javanica menjadi patogen utama pertanaman ubi molekular dilaksanakan di Laboratorium Balai Uji Terap
jalar di pulau Kyushu Jepang. Berdasarkan hasil Teknik dan Metode Karantina Pertanian, Bekasi.
pengamatan langsung di lapang dapat diketahui
keterjadian penyakit oleh Meloidogyne spp. pada Isolasi dan Pemurnian Bakteri Endofit dari Ubi
tanaman ubi jalar di Kabupaten Sorong mencapai Jalar. Isolasi bakteri endofit dari akar ubi jalar dilakukan
88,77%. Upaya pengendalian yang dilakukan oleh petani menurut metode Hallmann et al. (2006) dengan
umumnya menggunakan pestisida sintetik tetapi kurang modifikasi pada konsentrasi dan perendaman dalam
efektif. Strategi pengendalian nematoda parasit akan NaOCl. Bahan tanaman yang telah steril digerus dengan
lebih efektif bila dilakukan secara terpadu dengan menggunakan mortar dan dibuat seri pengenceran dari
menggabungkan beberapa komponen pengendalian 10 -1 sampai dengan 10 -4. Masing-masing seri
seperti pemanfaatan agensia hayati. Bakteri endofit pengenceran diambil dengan menggunakan pipet
sebagai salah satu komponen pengendaliaan hayati sebanyak 1 ml ditumbuhkan pada media TSA 10% dan
diharapkan dapat melengkapi teknik pengendalian yang diinkubasi pada suhu ruang selama 48 jam. Peubah yang
sudah ada dan mengurangi penggunaan pestisida sintetik. diamati adalah populasi dan keragaman bakteri
Pemanfaatan bakteri endofit untuk pengendalian berdasarkan perbedaan karakter morfologi bakteri.
nematoda parasit tanaman telah banyak dilaporkan. Koloni bakteri hasil isolasi yang tumbuh pada media TSA
Bakteri endofit sebagai agensia biokontrol nematoda 10%, dimurnikan pada media TSA 100%. Pemurnian
dapat melalui beberapa mekanisme seperti memproduksi berdasarkan koloni tunggal yang mempunyai karakter
toksin, enzim, kompetisi nutrisi, pemacu pertumbuhan berbeda berdasarkan warna dan bentuk koloni (Sunatmo,
tanaman, dan induksi ketahanan tanaman (Siddiqui & 2009).
Mahmood, 1999). Berbagai enzim yang dihasilkan bakteri
endofit seperti protease, lipase dan kitinase terbukti Uji Reaksi Hipersensitif. Pengujian reaksi
efektif menyebabkan mortalitas nematoda dan hipersensitif dilakukan dengan menggunakan tanaman
menghambat penetasan telur. tembakau sehat. Sebanyak 2 ml suspensi bakteri
Enzim kitinase yang dihasilkan oleh bakteri endofit diinjeksikan pada daun tembakau melalui tulang daun
dan organisme lainnya berperan penting dalam sekunder. Isolat bakteri patogenik akan menunjukkan
pengendalian patogen karena enzim ini dapat gejala nekrotik pada daun yang diinjeksi. Isolat bakteri
mendegradasi dinding sel patogen yang tersusun dari yang menunjukkan reaksi negatif terhadap uji
senyawa kitin. Woo-Jin et al. (2002) melaporkan enzim hipersensitif diuji lebih lanjut dengan uji hemolisin.
kitinase yang dihasilkan oleh bakteri Paenibacillus
illinosensis KJA-424 terbukti secara signifikan Seleksi Isolat Bakteri Endofit Penghasil Toksin
menurunkan persentase penetasan telur M. incognita. Hemolisin. Produksi hemolisin ditentukan berdasarkan
Bakteri endofit Rahnella aquatilis, Pseudomonas sp., adanya zona hemolisis yang dibentuk oleh isolat bakteri.
Rhodanobacter sp. dan Phyllobacterium yang diisolasi Bakteri digoreskan pada media blood agar base (Oxoid
dari ubi jalar diketahui memiliki aktivitas pemacu CM55) dengan penambahan darah domba 5%, kemudian
pertumbuhan tanaman dan tahan terhadap stress diinkubasi pada suhu ruang selama 24 sampai 48 jam.
lingkungan seperti pH rendah, suhu tinggi, dan suhu Adanya zona bening di sekitar koloni setelah inkubasi
rendah (Khan & Doty, 2009), tetapi keefektifan sebagai dianggap sebagai hasil positif produksi hemolisin (Skalka,
agensia biokontrol nematoda parasit tumbuhan belum 1988).
diketahui. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan
bakteri endofit akar ubi jalar yang dapat menghasilkan Identifikasi Molekuler. Bakteri hasil seleksi
metabolit sekunder seperti enzim lipase, protease dan diidentifikasi secara molekular menggunakan primer
kitinase yang berperan penting dalam pengendalian universal 16S rDNA, 63F/1387R (Hidayatun et al.,
Meloidogyne spp. 2011). Ekstraksi DNA bakteri endofit akar ubi jalar
124 J. HPT Tropika Vol. 15 No. 2, 2015: 122 – 131

dilakukan dengan menggunakan FastDNA Spin Kit Kemampuan Bakteri Menghasilkan Enzim
Lysing Matrix A (MPBio) dengan alat ekstraksi Super Protease. Aktivitas enzim protease diuji menggunakan
FastPrep-1 (MPBio). Reaksi PCR dilakukan media susu skim agar pada pH 6,5. Komposisi media
menggunakan Phusion High-Fidelity PCR Master terdiri dari 10 g susu skim, 15 g TSB, 7,5 g bacto agar
Mix (Thermo) pada mesin Verity 96-well (Applied dan 500 ml akuades. Bacto agar, TSB dan akuades
Biosystem). disterilisasi menggunakan autoclave pada suhu 121 ºC
Reaksi PCR menggunakan universal primer yaitu selama 15 menit. Susu skim ditambahkan ketika media
63-F (primer forward) dengan susunan sequen 5’- masih panas. Aktivitas proteolitik diindikasikan dengan
CAGGCCTAACACATGCAAGTC-3’ dan 1387-R adanya zona bening di sekitar koloni bakteri, diamati 48
(primer reverse) dengan susunan sequen 5’- jam setelah inokulasi.
GGGCGGCGTGTACAAGGCC-3’ (Hidayatun et al.,
2011). Reaksi polymerase chain reaction (PCR) Kemampuan Bakteri Menghasilkan Enzim
menggunakan Dream TaqTm Green PCR Master Mix Kitinase. Isolat bakteri hasil pemurnian dan seleksi
(2x) (Thermo Scientific), dengan proses amplifikasi reaksi hipersensitif serta produksi toksin hemolisin
DNA meliputi denaturasi awal pada suhu 94 ºC selama digunakan dalam pengujian aktivitas kitinolitik pada
2 menit, dilanjutkan dengan 30 siklus tahapan denaturasi media koloidal kitin agar sebagaimana diuraikan oleh
pada suhu 94 ºC selama 30 detik, penempelan primer (Lingappa & Lockwood, 1962). Media koloidal kitin agar
pada suhu 50 oC selama 30 detik, proses extension pada dengan komposisi 0,2% koloidal kitin, 0,2% Na2HPO4,
suhu 72 ºC selama 1 menit, dilanjutkan dengan final 0,1%KH 2PO 4, 0,05% NaCl, 0,1% NH 4Cl, 0,05%
extension pada suhu 72 ºC selama 7 menit dan tahap MgSO4, 7H2O, 0,05% CaCl2 2H2O, 0,05% yeast extract
terakhir dilakukan penurunan suhu ke 4 oC untuk dan 2% agar, dengan pH 6,2 disterilisasi, kemudian
menghentikan reaksi PCR. dituang dalam cawan Petri. Setelah agar beku, biakan
DNA hasil amplifikasi diseparasi pada gel agarose bakteri digoreskan pada permukaan agar dan diinkubasi
1,2% dilarutkan dalam TAE 1x dan ditambahkan pada suhu kamar selama 4 hari. Aktivitas kitinolitik
PeqGreen sebanyak 4–6 µl/100 ml agarose. Pengukuran diindikasikan dengan adanya zona bening di sekitar
fragmen DNA menggunakan penanda 1 kb DNA ladder goresan biakan.
(Fermentas, United States of America). Elektroforesis
dilakukan pada tegangan 70 V selama 50 menit dan Kemampuan Bakteri Menghasilkan Hidrogen
divisualisasikan menggunakan UV transilluminator Sianida. Produksi HCN bakteri endofit akar diuji dengan
(Darkhod 1000). menggunakan prosedur yang diuraikan oleh Wei et al.
Perunutan DNA dilakukan menggunakan (1991). Komposisi media yang digunakan untuk
pasangan primer 63-F/1387-R di 1st BASE Genetika membiakkan bakteri adalah 4,4 g glisin, 30,0 g TSB
Science. Hasil sequencing dianalisis menggunakan (Tryptic soy broth), 15,0 g agar dalam 1000 ml akuades
program basic local aligment search tool (BLAST) kemudian disterilisasi dengan menggunakan autoclave
dengan program optimasi untuk memperoleh urutan basa (120 oC, 15 lbs) selama 20 menit. Media dituang ke
DNA dalam situs NCBI. Pensejajaran (aligment) dalam cawan Petri yang berdiameter 9 cm. Produksi
sampel dilakukan dengan menggunakan software sianida dideteksi dengan menggunakan larutan cyanide
ClustelW (Bioedit) dan analisis filogenetik menggunakan detection solution (CDS) yang mengandung 2 g asam
sofware MEGA5. pikrat dan 8 g sodium karbonat yang dilarutkan dalam
200 ml akuades steril. Bakteri yang akan diuji digoreskan
Kemampuan Bakteri Menghasilkan Enzim Lipase. pada media yang mengandung glisin. Kertas saring yang
Aktivitas lipolitik bakteri endofit akar ubi jalar diuji telah dipotong berukuran 1 x 1 cm dan steril dicelupkan
mengikuti metode indicator warna menurut Kouker & pada larutan CDS dan diletakkan pada tutup cawan Petri
Jaeger (1987). Komposisi media dalam 1000 ml terdiri bagian dalam, diinkubasi pada suhu ruang selama 4 hari.
dari 8 g nutrient broth, 4 g sodium klorid, 10 g agar, dan Bakteri yang dapat memproduksi sianida dideteksi
larutan rhodamin B sebanyak 0,001% dengan pH 7. dengan adanya perubahan warna kertas saring dari
Media disterilisasi menggunakan autoclave pada suhu kuning menjadi orange coklat.
121 ºC selama 15 menit. Minyak zaitun (2,5%)
ditambahkan sesaat sebelum media dituang dalam Pengaruh Kultur Filtrat Bakteri Endofit terhadap
cawan Petri. Aktivitas lipolitik diamati menggunakan Juvenil Meloidogyne spp. Bakteri endofit hasil seleksi
lampu UV, 48 jam setelah inokulasi. ditumbuhkan pada media TSA selama 48 jam pada suhu
Tuminem et al. Potensi Bakteri Endofit Akar 125

ruang. Koloni tunggal dari bakteri dipindahkan ke dalam 5,8 x 104 cfu/g dan terendah pada pengenceran 10-4
100 ml media Triptyc Soy Broth (TSB) dan diinkubasi yaitu 1,5 x 104 cfu/g akar. Kerapatan populasi dan
pada suhu ruang sambil dishaker selama 48 jam dengan keragaman bakteri endofit bervariasi antara spesies
kecepatan 150 rpm. Kultur bakteri disentrifugasi dengan tanaman yang berbeda dan bagian tanaman yang
kecepatan 6500 rpm selama 15 menit kemudian disaring berbeda dari tanaman yang sama (Stewart, 2011).
dengan syringe filter steril ukuran 0,22 µm dan diameter Jaringan akar dan jaringan bawah tanaman memiliki
25 mm. Pengujian pengaruh filtrat bakteri terhadap kerapatan dan keragaman bakteri yang lebih tinggi
nematoda dilakukan dengan cara mengambil 5 ml kultur dibandingkan jaringan tanaman yang berada dibagian
filtrat bakteri dimasukkan ke dalam cawan Petri kecil atas permukaan tanah. Kerapatan populasi bakteri
(diameter 6 cm) kemudian ditambahkan 0,5 ml suspensi endofit akar ubi jalar lebih tinggi jika dibandingkan
juvenil Meloidogyne spp. (rata-rata mengandung 90– dengan endofit akar jagung varietas DMR-L SR-Y yang
100 juvenil) dan disimpan pada suhu ruang selama 24 memiliki kerapatan populasi 1,1 x 105 cfu/g akar (Orole
jam. Percobaan ini menggunakan rancangan acak & Adejumo, 2011) dan akar kapas kerapatan populasi
lengkap (RAL) dengan perlakuan kultur filtrat bakteri 4,0 x 102 sampai 1,3 x 104 cfu/g akar segar (Hallmann
dan masing-masing diulang 3 kali. Sebagai kontrol et al., 1997). Kolonisasi bakteri endofit dipengaruhi oleh
digunakan air steril dan TSB untuk membuktikan bahwa beberapa faktor diantaranya geografis (Munif, 2001),
juvenil Meloidogyne spp. mati karena filtrat bakteri. spesies tanaman (McInroy & Kloepper, 1995), dan
Pengamatan dilakukan terhadap juvenil yang mati dan pemberian pupuk (Seghers et al., 2004).
yang hidup. Juvenil mati ditandai dengan bentuknya yang
lurus dan tidak bergerak setelah 2 jam dalam air steril. Patogenisitas. Hasil seleksi bakteri melalui uji respon
Data hasil pengamatan dianalisa menggunakan program hipersensitif menunjukkan 10 isolat menyebabkan
SAS. nekrotik dan 12 isolat tidak menyebabkan nekrotik.
Seleksi lebih lanjut menggunakaan media agar darah
Pengaruh Kultur Filtrat Bakteri terhadap diketahui 4 isolat menghasilkan toksin α-hemolisin, 2 isolat
Penetasan Telur Nematoda. Pengujian ini dilakukan menghasilkan toksin β-hemolisin dan 6 isolat γ-hemolisin.
dengan menggunakan telur Meloidogyne spp. yang Isolat bakteri yang dipilih sebagai kandidat agensia
diperbanyak pada tanaman tomat rentan. Telur nematoda biokontrol adalah yang tidak menyebabkan nekrotik dan
yang diperoleh dari hasil ekstraksi akar disterilisasi tidak menghasilkan toksin hemolisin. Berdasarkan hasil
dengan cara direndam dalam larutan yang berisi 600 seleksi tersebut, dipilih 4 isolat potensial yaitu EAS(1a),
ppm Streptomicin sulfat selama 1 jam selanjutnya dicuci EAS(3a), EAS(4) dan EAS(6) yang tidak menyebabkan
dan direndam dalam air steril selama 30 detik. Sebanyak nekrotik dan tidak menghasilkan toksin hemolisin.
0,5 ml (mengandung 55 sampai 60 telur ) suspensi telur Reaksi hipersensitif terjadi pada tanaman sebagai
Meloidogyne spp. dimasukkan ke dalam 5 ml filtrat reaksi atas infeksi patogen (cendawan, bakteri, virus)
bakteri endofit dan diinkubasi pada suhu ruang selama tanaman. Reaksi hipersensitif adalah kompleks
48 jam. Setelah diinkubasi, telur nematoda dicuci dengan pertahanan tanaman yang merupakan tanggapan awal
air steril dan diinkubasi pada suhu kamar selama 15 hari. dalam bentuk nekrosis dan terjadinya kematian sel untuk
Percobaan ini menggunakan rancangan acak lengkap membatasi pergerakan patogen (Agrios, 2005). Bakteri
(RAL) dengan perlakuan kultur filtrat bakteri dan yang menyebabkan nekrotik pada tanaman uji tidak dapat
masing-masing isolat diulang 3 kali. Pengamatan digunakan dalam pengujian selanjutnya karena memiliki
dilakukan terhadap persentase telur yang menetas potensi sebagai patogen tanaman.
ditandai dengan keluarnya nematoda dari kutikula yang Toksin α-hemolisin adalah toksin yang
melindungi telur. Data hasil pengamatan dianalisis bertanggung jawab terhadap pembentukan zona bening
menggunakan program SAS. pada media agar darah sekitar koloni bakteri (Skalka,
1988). Hal ini karena toksin α-hemolisin memiliki
HASIL DAN PEMBAHASAN kemampuan menghancurkan sel darah merah secara
sempurna (Kusnadi, 2008) dan dapat menyebabkan
Kerapatan Populasi dan Keragaman Bakteri nekrosis pada kulit hewan dan manusia (Warsa, 1994).
Endofit. Dari hasil isolasi bakteri endofit akar ubi jalar Toksin β-hemolisin dapat mereduksi hemoglobin menjadi
asal Sorong Papua Barat diperoleh 22 isolat dengan meta hemoglobin yang menghasilkan zona berwarna
kerapatan populasi tertinggi pada pengenceran 10-2 yaitu kehijauan disekitar koloni bakteri pada media agar darah
3,62 x 105 cfu/g akar diikuti oleh pengenceran 10-3 yaitu (Kusnadi, 2008). Bakteri endofit yang menghasilkan
126 J. HPT Tropika Vol. 15 No. 2, 2015: 122 – 131

toksin α-hemolisin dan β-hemolisin tidak dapat digunakan sp. TUT 1014 , dan Enterobacter sp. Px6-4.
dalam pengujian lebih lanjut karena memiliki potensi Enterobacter sp. juga dilaporkan berasosiasi dengan
sebagai patogen terhadap hewan dan manusia. tanaman lain seperti Trifolium pretense L. (Sturz et
al., 1998) dan Citrus jambhiri (Gardner et al., 1982).
Identifikasi Molekuler. Hasil PCR sampel DNA Bakteri endofit Burkholderia cepacia dilaporkan
bakteri endofit akar ubi jalar dari Kabupaten Sorong berasosiasi dengan akar tebu (Mendes et al., 2007).
dengan menggunakan primer 63-F/1387-R menghasilkan
fragment DNA yang berbeda antar isolat. Isolat Bakteri Lipolitik. Hasil pengujian kemampuan bakteri
EAS(1a) dan EAS(3a) menghasilkan fragmen DNA menghasilkan enzim lipase pada media yang
dengan ukuran 1450 pb, EAS(4) 1390 pb dan EAS(6) mengandung minyak zaitun dan rhodamin B
450 pb. Hasil perunutan DNA yang dianalisis menunjukkan Enterobacter sp. EAS(1a), Enterobacter
menggunakan program BLAST menunjukkan bakteri sp. EAS(3a) Enterobacter ludwigii EAS(4), dan
endofit akar ubi jalar isolat EAS(1a) memiliki homologi Burkholderia cepacia EAS(6) menghasilkan pendar
99% dengan Enterobacter sp. asal India dan Cina, warna orange di bawah lampu UV. Menurut Kouker &
EAS(3a) memiliki homologi 97% dengan Enterobacter Jaeger (1987), aktifitas lipase ditunjukkan dengan
sp. asal India dan Cina, EAS(4) memiliki homologi 93% terbentuknya pendar warna orange dibawah lampu UV,
dengan Enterobacter ludwigii asal Cina dan EAS(6) sedangkan isolat yang tidak menghasilkan enzim lipase
memiliki homologi 89% dengan Burkholderia cepacia membentuk warna merah muda. Lipase merupakan
asal India dan Cina. Analisis filogenesis menunjukkan biokatalisator yang mempunyai kemampuan
bahwa bakteri endofit akar ubi jalar dari Sorong memiliki mengkatalisis reaksi hidrolisis lipid menjadi asam lemak
kekerabatan yang dekat dengan isolat asal Cina dan dan gliserol. Keaktifan lipase diketahui dengan timbulnya
India (Gambar 1). produk hidrolisis asam lemak bebas yang menyebabkan
Asosiasi bakteri endofit Enterobacter sp. dengan terbentuknya pendar warna orange (fluorescens) pada
berbagai tanaman telah banyak dilaporkan. Khan & Doty media yang mengandung rhodamin B atau senyawa
(2009) melaporkan spesies bakteri endofit yang diisolasi indikator warna lainnya (Kouker & Jaeger, 1987). Enzim
dari batang ubi jalar diantaranya adalah Enterobacter lipase yang dihasilkan oleh bakteri endofit berperan

Gambar 1. Pohon filogenetik bakteri endofit akar ubi jalar asal Kabupaten Sorong Papua Barat
Tuminem et al. Potensi Bakteri Endofit Akar 127

dalam hidrolisis glikolipid yang merupakan komponen dan nematoda (Pratiwi et al., 2015). Bakteri Serratia
penyusun dinding telur nematoda. marcescens, Pseudomonas fluorescens NRRl B-
Dinding telur nematoda umumnya terdiri atas 3 23932, Pseudomonas fluorescens, Bacillus
lapisan utama yaitu vitelin yang merupakan lapisan amyloliquefaciens B-762 dan Bacillus thuringiensis
paling luar, kitin pada lapisan tengah dan glikolipid pada yang menghasilkan enzim kitinase, protease dan
lapisan bagian dalam (Eisenback & Hunt, 2009). senyawa fenolik terbukti mampu menurunkan jumlah
Lapisan glikolipid berperan untuk impermeabilitas kulit puru, telur dan kelompok telur/g akar, serta jumlah betina
telur nematoda dan melindungi telur dari bahan kimia dewasa M. incognita pada akar tomat (ElSayedI &
berbahaya. Hidrolisis lipid oleh lipase yang dihasilkan Edrees, 2014). Menurut Woo-Jin et al. (2002), telur
oleh bakteri endofit menyebabkan terganggunya Meloidogyne sp. stadia pertama sangat sensitif
permeabilitas telur sehingga embriogenesis telur terhadap bakteri. Enzim kitinase yang dihasilkan oleh
terganggu (Khan et al., 2004). bakteri menyebabkan lisis pada kulit telur M. incognita
terutama pada juvenil 1, sehingga menghambat penetasan
Bakteri Proteolitik. Hasil pengujian pada media susu telur atau membunuh juvenil 1. Lisis pada kulit telur
skim agar menunjukkan isolat bakteri Enterobacter sp. nematoda yang disebabkan oleh aktivitas kitinase
EAS(1a), Enterobacter sp. EAS(3a), Enterobacter berperan penting dalam pengendalian nematoda puru
ludwigii EAS(4) dan Burkholderia cepacia EAS(6) akar.
memiliki aktivitas menghasilkan enzim protease. Enzim
protease merupakan biokatalisator untuk reaksi Produksi HCN. Hasil pengujian produksi HCN
pemecahan protein menjadi oligopeptida atau asam-asam menunjukkan semua isolat bakteri yang diuji tidak
amino. Peranan enzim protease dalam pengendalian menghasilkan HCN. Produksi HCN oleh bakteri endofit
nematoda parasit tumbuhan adalah mendegradasi kulit ditandai dengan perubahan warna kertas saring menjadi
telur dan kutikula nematoda (Bonants et al., 1995). orange atau kecoklatan. Hasil pengamatan pada 48 jam
Beberapa hasil penelitian membuktikan bahwa protease sampai 120 jam setelah inokulasi, tidak terjadi perubahan
berperan penting dalam pengendalian nematoda. warna kertas saring. Hal ini menunjukkan bakteri endofit
Siddiqui et al. (2005) melaporkan bahwa Pseudomonas akar ubi jalar tidak menghasilkan metabolit sekunder
fluorescens CHAO yang menghasilkan enzim protease hidrogen sianida.
ekstraseluler bersifat antagonis terhadap nematoda.
Bacillus firmus MPB04 yang menghasilkan Pengaruh Kultur Filtrat terhadap Mortalitas
enzim protease dan selulase menyebabkan mortalitas Juvenil Meloidogyne spp. Hasil aplikasi kultur filtrat
juvenil M. incognita lebih tinggi dibandingkan Bacillus bakteri endofit terhadap juvenil Meloidogyne spp.
sp. MPB115 yang tidak menghasilkan enzim protease menunjukkan bahwa Enterobacter sp. EAS(1a)
(Ann, 2013). Hal yang sama dilaporkan oleh Meyer et menyebabkan mortalitas tertinggi yaitu 95,2%, dan
al. (2000), Burkholderia cepacia yang menghasilkan terendah Enterobacter ludwigii EAS(4) dengan
enzim ekstraseluler protease terbukti secara signifikan mortalitas sebesar 81,4%. Hasil analisis varians
menurunkan persentase penetasan telur hingga 53% dan mortalitas juvenil Meloidogyne spp. menunjukkan
mobilitas juvenil 2 M. incognita. Fhitung > dari Ftabel 1%. Hal ini menunjukkan bahwa
perlakuan kultur filtrat bakteri endofit akar ubi jalar
Bakteri Kitinolitik. Hasil pengujian pada media memberikan pengaruh sangat nyata terhadap mortalitas
koloidal kitin menunjukkan bahwa isolat Burkholderia juvenil Meloidogyne spp. Hasil uji lanjut Duncan pada
cepacia EAS(6) membentuk zona bening sedangkan taraf nyata 5% menunjukkan perlakuan isolat
Enterobacter sp. EAS(1a), Enterobacter sp. EAS(3a), Enterobacter sp. EAS(1a) tidak berbeda nyata dengan
dan Enterobacter ludwigii EAS(4), tidak membentuk Enterobacter sp. EAS(3a), dan Burkholderia cepacia
zona bening. Zona bening yang terbentuk pada media EAS(6) tetapi berbeda nyata dengan Enterobacter
merupakan indikator bahwa isolat Burkholderia ludwigii EAS(4) (Gambar 2).
cepacia EAS(6) menghasilkan enzim kitinase. Seluruh perlakuan yang diuji menunjukkan
Kitinase adalah enzim yang mengkatalis berbeda sangat nyata dengan kontrol air steril dan
pemecahan senyawa polimer kitin pada ikatan glikosidik kontrol TSB. Hal ini menunjukkan kultur filtrat bakteri
β-1,4. Enzim ini dihasilkan oleh bakteri dan organisme yang digunakan dalam pengujian memberikan pengaruh
lainnya dan telah banyak digunakan sebagai agensia yang nyata terhadap mortalitas juvenil Meloidogyne
biokontrol karena dapat mendegradasi dinding sel spp. Hal yang sama dilaporkan oleh Zaghloul et al. (2015)
patogen yang tersusun dari kitin seperti pada cendawan bahwa kultur filtrat bakteri Bacillus subtilis B38,
128 J. HPT Tropika Vol. 15 No. 2, 2015: 122 – 131

Gambar 2. Pengaruh kultur filtrat terhadap mortalitas juvenil dan penetasan telur Meloidogyne spp. Angka yang
diikuti dengan notasi yang sama menunjukkan hasil tidak berbeda nyata pada uji Duncan dengan taraf
kepercayaan 95%

Pseudomonas fluorescens B103 dan S. marcescens TSB. Hasil uji lanjut Duncan pada taraf nyata 5%
yang menghasilkan enzim protease dan kitinase menunjukkan perlakuan isolat Burkholderia cepacia
menyebabkan mortalitas M. incognita sebesar 90,6% EAS(6) tidak berbeda nyata dengan Enterobacter sp.
sampai 92,9%. Kultur filtrat bakteri endofit Bacillus spp., EAS(1a) tetapi berbeda nyata dengan Enterobacter sp.
Pseudomonas spp., Arthrobacter spp, Micrococcus EAS(3a) dan Enterobacter ludwigii EAS(4). Semua
spp., Curtobacterium sp. dan Serratia sp. yang diisolasi isolat bakteri yang diuji berbeda sangat nyata dengan
dari tanaman lada hitam dilaporkan dapat membunuh kontrol air dan TSB. Hasil pengamatan secara
juvenil 2 M. incognita pada pengujian secara in vitro mikroskopik menunjukkan perkembangan telur
(Aravind et al., 2009). Bakteri Enterobacter cloaceae nematoda terhambat oleh bakteri dan menyebabkan
dan Pseudomonas mendocina yang diisolasi dari kerusakan pada kulit telur (Gambar 3).
rizosfer tanaman tomat secara signifikan menurunkan Keefektifan kultur filtrat bakteri endofit
populasi M. incognita, menghambat penetrasi juvenil menghambat penetasan telur nematoda telah banyak
ke dalam akar, menurunkan jumlah kelompok telur dan dilaporkan. Kultur filtrat bakteri Burkholderia cepacia
mengurangi terbentuknya puru akar (Duponnois et al., Bc-2 dilaporkan dapat menurunkan persentase
1999). penetesan telur M. incognita sebesar 54% pada 14
hari setelah aplikasi (Meyer et al., 2000). Aplikasi B.
Pengaruh Kultur filtrat terhadap Penetasan Telur cepacia strain Bc-2 dan Bc-F pada tanaman cabai
Meloidogyne spp. Aplikasi kultur filtrat bakteri endofit efektif menurunkan populasi telur per gram akar sebesar
akar ubi jalar pada telur Meloidogyne spp. menunjukkan 60–69% (Meyer et al., 2001).
isolat Burkholderia cepacia EAS(6) memiliki Kultur filtrat Bacillus subtilis Bs 5 yang diisolasi
kemampuan menekan penetasan telur paling tinggi yaitu dari jaringan tanaman Morinda citrifolia L. dilaporkan
sebesar 81,92% dan Enterobacter sp. EAS(3a) paling efektif menghambat penetasan telur M. incognita pada
rendah yaitu sebesar 53,13%. Dari hasil analisis varians pengujian secara in vitro (Kavitha et al., 2012). Kultur
penetasan telur Meloidogyne spp. diketahui Fhitung > filtrat bakteri mengandung metabolit yang diproduksi
dari Ftabel 1%. Hal ini menunjukkan bahwa perlakuan oleh bakteri selama inkubasi yang berpengaruh terhadap
kultur filtrat bakteri endofit akar ubi jalar memberikan penetasan telur dan kematian juvenil nematoda (Lee et
pengaruh sangat nyata terhadap penetasan telur al., 2014).
Meloidogyne spp. dibandingkan kontrol air steril dan Berdasarkan beberapa karakter fisiologi dan hasil
Tuminem et al. Potensi Bakteri Endofit Akar 129

Gambar 3. Pengaruh kultur filtrat bakteri terhadap telur M. incognita; (A, B) 15 hari setelah perlakuan Burkholderia
cepacia EAS(6) menyebabkan lisis pada kulit telur ditunjukkan dengan anak panah, (C) sebelum
perlakuan, (D) kontrol air steril

pengujian secara in vitro terhadap penetasan telur dan Aravind R, Antony D, Eapen SJ, Kumar A, & Ramana
mortalitas juvenil, bakteri endofit akar ubi jalar asal KV. 2009. Isolation and evaluation of endophytic
Kabupaten Sorong Papua Barat memiliki potensi sebagai bacteria against plant parasitic nematodes
agensia pengendali Meloidogyne spp. infesting black pepper (Piper nigrum L.). Indian
J. Nematol. 39(2): 211–217.
SIMPULAN
Bonants PJM, Fitters PFL, Thijs H, den Belder E,
Empat isolat yang berpotensi sebagai agensia Waalwijk C, & Henfling JWDM. 1995. A basic
biokontrol Meloidogyne spp. adalah Enterobacter sp. serine protease from Paecilomyces lilacinus
EAS(1a), Enterobacter sp. EAS(3a), Enterobacter with biological activity against Meloidogyne
ludwigii EAS(4) dan Burkholderia cepacia EAS(6). hapla eggs. Microbiology 141: 775–784.
Bakteri ini menghasilkan enzim protease, lipase dan Duponnois R, Amadou MBA, & Mateille T. 1999.
kitinase yang efektif menghambat penetasan telur Beneficial effects of Enterobacter cloacae and
sebesar 53,13–81,92% dan menyebabkan mortalitas Pseudomonas mendocina for biocontrol of
juvenile 2 Meloidogyne spp. sebesar 81,4–95%. Meloidogyne incognita with the endospore
Keempat isolat tersebut berpotensi besar untuk forming bacterium Pasteuria penetrans.
dikembangkan lebih lanjut dan dimanfaatkan sebagai Nematology 1(1): 95–101.
agensia biokontrol Meloidogyne spp. pada ubi jalar.
Eisenback JD & Hunt DJ. 2009. General Morphology.
SANWACANA In: Perry RW, Moens P, & Starr JL (Eds.). Root-
Knot Nematodes. pp. 18–54. CAB International,
Ucapan terimakasih disampaikan kepada Wallingford.
Pemerintah Provinsi Papua Barat atas dana yang ElSayedI A & Edrees NO. 2014. Potency evaluation of
diberikan melalui beasiswa Peningkatan Sumberdaya Pseudomonas strains against root-knot nematode
Manusia selama melaksanakan tugas belajar Program infecting tomato. Int. J. Adv. Res. 2(8): 602–608.
doctor Program studi Fitopatologi Sekolah Pacasarjana
Gardner JM, Feldman AW, & Zablotowicz RM. 1982.
Insitut Pertanian Bogor
Identity and behavior of xylem-residing bacteria
in rough lemon roots of Florida citrus trees. Appl.
DAFTAR PUSTAKA
Environ. Microbiol. 43(6): 1335–1342.
Agrios GN. 2005. Plant Pathology 5nd Ed. Elsevier Hallmann J, Quadt-Hallmann A, Mahaffee WF, &
Academic Press, New York. Kloepper JW. 1997. Bacterial endophytes in
agricultural crops. Can. J. Microbiol. 43(10):
Ann YC. 2013. Screening for nematicidal activities of
859–914.
Bacillus species against root knot nematode
(Meloidogyne incognita). Am. J. Exp. Agric.
3(4): 794–805.
130 J. HPT Tropika Vol. 15 No. 2, 2015: 122 – 131

Hallmann J, Berg G, & Schulz B. 2006. Isolation Mclnroy JA & Kloepper JW. 1995. Survey of indigenous
procedurs for endophytic microorganisms. In: bacterial endophytes from cotton and sweet corn.
Schulz B, Boyle C, & Sieber TN (Eds.). Plant Soil 173(2): 337–342.
Microbiol Root Endophytes. pp. 299–305.
Mendes R, Pizzirani-Kleiner AA, Araujo WL, &
Springer, Berlin Heidelberg.
Raaijmakers JM. 2007. Diversity of cultivated
Hidayatun N, Susilowati DN, & Mulya K. 2011. endophytic bacteria from sugarcane: genetic and
Identifikasi 26 isolat bakteri endofitik dan filosfer biochemical characterization of Burkholderia
padi dengan analisis sekuen 16S rDNA. Berita cepacia complex isolates. Appl. Environ.
Biologi 10(4): 455–461. Microbiol. 73(22): 7259–7267.
Iwahori H, Sano Z, & Ogawa T. 2000. Distribution of Meyer SLF, Massoud SI, Chitwood DJ, & Roberts DP.
main plant parasitic nematodes in sweet potato 2000. Evaluation of Trichoderma virens and
and taro fields in Kyusu and Okinawa, Japan. 1. Burkholderia cepacia for antagonistic activity
Survey in the central and southern parts in Kyushu against root knot nematode Meloidogyne
Island (Kumamoto, Miyazaki and Kagoshima incognita. Nematology 2(8): 871–879.
Prefs.) and development of an effective DNA
Meyer SLF, Roberts DP, Chitwood DJ, Carta LK,
analysis method for species identification.
Lumsden RD, & Mao W. 2001. Application of
Kyushu Pl. Prot. Res. 46: 112–117.
Burkholderia cepacia and Trichoderma virens,
Kavitha PG, Jonathan EI, & Nakkeeran S. 2012. Effect alone and in combinations against Meloidogyne
of crude antibiotic of Bacillus subtilis on hatching incognita on bell pepper. Nematropica 31(1): 75–
of eggs and mortality of juveniles of 86.
Meloidogyne incognita. Nematol. Medit. 40:
Munif A. 2001. Studies on the importance of endophytic
203–206.
bacteria for the biological control of the root-knot
Khan Z & Doty SL. 2009. Characterization of bacterial nematode Meloidogyne incognita on tomato.
endophytes of sweet potato plants. Plant Soil Dissertation. Intitut fur Pfanzenkrankheiten der
322(1): 197–207. Rheinischen Friedrich Wilhelms. Universitat Bonn,
Bonn.
Khan A, Williams KL, & Nevalainen HKM. 2004.
Effects of Paecilomyces lilacinus protease and Orole OO & Adejumo TO. 2011. Bacterial and fungal
chitinase on the eggshell structures and hatching endophytes associated with grains and roots of
of Meloidogyne javanica juveniles. Biol. maize. J. Ecol. Nat. Environ. 3(9): 298–303.
Control 31(3): 346–352.
Pratiwi RS, Susanto TE, Wardani YAK, & Sutrisno A.
Kouker G & Jaeger K. 1987. Specific and sensitive 2015. Enzim kitinase dan aplikasi di bidang industri:
plate assay for bacterial lipases. Appl. Environ. kajian pustaka. J. Pangan dan Agroindustri.
Microbiol. 53(1): 211–213. 3(3): 878–887.
Kusnadi. 2008. Mikrobiologi Kesehatan. http:// Seghers D, Wittebolle L, Top EM, Verstraete W, &
file.upi.edu/Direktori/FPMIPA/JUR._PEND._ Siciliano SD. 2004. Impact of agricultural
BIOLOGI/196805091994031-KUSNADI/ practices on the Zea mays L. endophytic
BUKUCOMMON_TEXT_ MIKROBIOLOGI, community. Appl. Environ. Microbiol. 70(3):
Kusnadi,dkk/BAB_XIIMIKRO 1475–1482.
KESEHATAN.pdf. Diunduh pada 9 Mei 2015.
Siddiqui ZA & Mahmood I. 1999. Role of bacteria in
Lee YS, Naning KW, Nguyen XH, Kim SB, Moon JH, the management of plant parasitic nematodes: a
& Kim KY. 2014. Ovicidal activity of lactic acid review. Bioresource Technol. 69(2): 167–179.
produced by Lysobacter capsici YS1215 on eggs
Siddiqui IA, Haas D, & Heeb S. 2005. Extracellular
of root-knot nematode, Meloidogyne incognita.
protease of Pseudomonas fluorescens CHA0,
J. Microbiol. Biotechnol. 24(11): 1510–1515.
a biocontrol factor with activity against the root
Lingappa Y & Locwood JL. 1962. Chitin media for knot nematode Meloidogyne incognita. Appl.
selective isolation and culture of Actinomycetes. Environ. Microbiol. 71(9): 5646–5649.
Phytopathology 52: 317–323.
Tuminem et al. Potensi Bakteri Endofit Akar 131

Skalka B. 1988. Hemolitic activity of Staphylococcus Warsa UC. 1994. Buku Ajar Mikrobiologi
hyicus and Staphylococcus chromogenes. Acta Kedokteran. Binarupa Aksara. Jakarta.
Vet. Brno. 57(1–2): 3–11.
Wei G, Kloepper JW, & Tuzun S. 1991. Induction of
Stewart AC. 2011. Bacterial endophytes associated with systemic resistance of cucumber to
Eucalyptus nitens Clones. Thesis. The Faculty Colletotrichum orbiculare by select strains of
of Natural and Agricultural Sciences. University plant growth-promoting rhizobacteria.
of Pretoria, Pretoria. Phytopathology 81(12): 1508–1512.
Sturz AV, Christie BR, & Matheson BG. 1998. Woo-Jin J, Soon-Ju J, Kyu-Nam A, Yu-Lan J, Ro-Dong
Associations of bacterial endophyte populations P, Kil-Yong K, Bo-Kyoon S, & Tae-Hwan K.
from red clover and potato crops with potential 2002. Effect of chitinase producing
for beneficial allelopathy. Can. J. Microbiol. Paenibacillus illinoisensis KJA-424 on egg
44(2): 162–167. hatching of root knot nematode (Meloidogyne
incognita). J. Microbiol. Biotechnol. 12(6):
Sunatmo TI. 2009. Eksperimen Mikrobiologi dalam
865–871.
Laboratorium. Ardy Agency. Jakarta.
Zaghloul RA, Neweigy NA, Abou-Aly HE, El-Sayed
Tuminem, Supramana, Sinaga MS, & Giyanto. 2015.
SA, & Bahloul AM. 2015. Nematicidal activity
First report on the root knot nematodes
of some biocontrol agents against root-knot
Meloidogyne spp. of sweetpotatoes in Sorong
nematodes in-vitro. Res. J. Pharm. Biol. Chem.
Regency, West Papua Indonesia. Int. J. Basic
Sci. 6(1): 429–438.
Appl. Res. 21(2): 325–334.