Patogen, sygdomsfremkaldende, faktor, der medvirker ved fremkaldelse af sygdom (patogenese). I snævrere forstand bruges patogen især om de mikroorganismer, som fremkalder sygdom. I modsætning hertil står de apatogene mikroorganismer (saprofytter), som kan trives i eller på en organisme uden at skade den, idet de ikke invaderer levende celler. Fx findes der både patogene og apatogene stafylokokker på huden.